连锁药店的高速成长与发展正面临越来越多的挑战，如国家层面医改政策和宏观产业政策的制约，地方政府的医保定点政策和距离限制等，但这对所有的连锁药店都是一样的，应对讲究的是政府公关技巧与预算，以及战略眼光。
运营成本急升
连锁药店的高速发展，无论是内生式(自己开店)还是外延式(兼并重组)扩张，都需要大量的资金，以前新开80~200平方米的门店，约需50万~80万元，如今则可能需要80万~160万元，主要是房租和员工工资增长较快，且增长势头不减。
同时，相较以前新开门店2~3个月开始赢利的情况，如今开店5~6个月还不能保证赢利；压力更大的是营销成本几乎翻番，开业期间花费大大增加，平时的促销成本也大为上升，这就像工业企业要保持与过去相同的广告频度，费用越来越高，但收效却越来越小一样。
还有一大问题连锁同仁必须注意的是：连锁扩张不能靠着拖欠回款、延长回款周期来解决资金问题，对供应商的货款，越拖越久时，就会引起供应商的集体不满和挤兑，继而引发不予供货现象，这样产品丰满度和满足率便会大打折扣。此时，连锁高管不要以为可以到处赊货，需要明白频繁更换品种，店员和消费者都难以认可。但凡目前经营困难的连锁药店，大多是因在供应商中回款口碑不好，导致资金困难恶性循环。因此量力而行开门店都是必须的。
而要解决资金问题，除了采取各种方式融资；还可以进行内部集资和员工分成。同时通过连锁赚的钱，应该心无旁骛用来购买自己的物业扩充新店，因为这样成本是最低的，就像美国连锁药店之王沃尔格林一样，拿自己的物业开店，大大增强竞争力。如果拿着连锁药店赚的钱来做其他投资，则很可能会自掘坟墓。
人才瓶颈凸显
连锁药店快速扩张，人才是最大的瓶颈。如果扩张不能输出文化、管理和产品，就很难实现1+1＞2的效果。
目前连锁药店主要缺的人才首先是品类分析和优化人才。采购部不等于商品部，多元化的品类构建需要相应熟悉商品、消费者以及竞争对手研究的人才，目前大多数连锁药店这方面的人才都不具备。其次是门店营运和营销人才。零售是门技术，需要专业懂零售的营销人才。第三是信息技术人才，没有统一的信息系统，不能准确了解门店的进销存，连锁的其它六统一或者更多的统一都是无本之木，异地并购也就同样无法管理到位。事实上，零售的IT信息技术并不复杂，且花费也并不多，关键是管理者能否下决心去实施。
同时，店长人才必须既是销售高手，又是管理管理高手。而店长贮备不够，是目前连锁扩张最大的难题之一，尤其是弱总部强门店型的连锁，必须重视店长能力的全面系统提升。此外，作为店长，如果没有门店数据的透视分析，此时的店长其实就是一个盲人或者近视眼，尽管天天在门店，但是并不能准确判断自己门店存在的问题，因此也就找不到提升门店经营业绩的方向和方法。
人才问题需要连锁药店系统规划和投入，成立自己的商学院，把培训作为投资，而不是临时活动。同时，可以进行联合办学，通过专业教育或者证书教育，系统提升管理理论水平。
战略困惑
连锁药店的快速发展，专业化和多元化是两个必须抉择的事情，笔者认为，连锁的多元化必须是在专业基础上的多元化。
目前的医疗需求大致分化为两个方向：一是一般疾病的治疗需求，产品以基药为主，基本在医疗机构尤其是基层医疗机构完成；另外一类是保健需求，中产阶层是这方面的主力消费人群，他们的需求是保健、养生、调理、预防、康复，属于自我药疗和医疗的消费人群。
随着新医改的推进，社区卫生机构增多，个人医保账户的钱会越来越多地转到社区，这样医保定点门店就失去了主要的盈利能力。因此药店的战略定位到底是做什么业态、产品和服务，是连锁高管必须迫切明晰的。
而如果没有盈利模式和业态的准确定位，多元化、品类构建、人才培育就没有方向。目前医药分开刚刚起步，医疗人员的利益问题尚难以解决，药品零售终端想获得处方外配的效益仍遥遥无期，因此，连锁药店需率先确定自己的战略而不是摸着石头过河。
笔者建议连锁同仁应敢于打破规则，创造全新赢利模式和业态模式，很多企业的疯狂增长都是基于此，当年老百姓就是靠着打破价格规则发展壮大起来的。其次就是敢于放弃，如放弃医保，如果长期受到多元化非药品撤柜限制，就无法做大多元化的品类。
而目前较为看好的多元化发展方向，一是眼镜店，这个暴利行业是被温州人垄断的，一旦打破眼镜店的营销定式和暴利经营，药店不但可以分得一杯羹，且还可以保持高毛利； 二是养生型药店业态，需要构建药食同源类大中药品类：包括中药饮片、定形装药食同源类中药、花茶、贵细参茸、功能性五谷杂粮、家用型康复器械，药店的保健人群，离不开这一品类，需要系统构建，把传播中医药文化知识加入其中；三是连锁诊所和诊所型药店，与医疗单位异业竞争，分得其部分市场，目前连锁型诊所还没有起步，但将会是未来的方向，各地的中医馆探索，已经为这一模式奠定了基础。
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